Créée à l'hiver 1993/1994, la Coupe du Monde de cyclo-cross a servi dans un premier temps à promouvoir la discipline en réunissant les meilleurs cyclo-crossmen sur un ensemble de courses organisées dans les quelques pays adeptes de la discipline : la Belgique, les Pays-Bas, la France, l'Italie, la Suisse, l'Allemagne, la République Tchèque ou encore l'Espagne. Ce challenge a très vite séduit et les meilleurs coureurs des années 90 l'ont accroché à leur palmarès. La Coupe du Monde a pris de l'ampleur et s'est étendue à la catégorie féminine durant la saison 2002/2003. Mais la réforme amorcée par l'Union Cycliste Internationale en 2004 a mis fin au challenge tel qu'il existait. Depuis la saison 2004/2005, les Dames et les Elites ne marquent plus de point au terme de chacune des manches de la Coupe du Monde.
La dizaine d'épreuves qui composent le challenge ne font plus l'objet d'un classement par points mais servent de base à la confection du classement UCI, qui détermine la grille de départ de toutes les épreuves de la saison, et en particulier des Championnats du Monde. Pour les cyclo-crossmen, il convient dorénavant de briller en Coupe du Monde afin d'amasser un maximum de points UCI pour s'élancer dans une position idéale lors des Championnats du Monde, le grand objectif de chacun. La disparition du classement de la Coupe du Monde chez les Dames et les Elites a toutefois permis la création de ce challenge dans les catégories Espoirs et Juniors, qui ont inauguré ce nouveau challenge au cours de la saison 2004/2005.